孝庄先让康熙广泛求言，制造舆论，通过各种措施，纠正辅政大臣政治上的失误和弊端。这使朝廷上下人心振奋，康熙的威望日益增强，鳌拜逐渐走向孤立。与此同时，康熙身边聚集起一批年轻的满洲贵族成员。他们朝气勃勃，索额图就是其中的突出代表。索额图是索尼的儿子，孝庄选中他的侄女赫舍里氏做皇后，加深索尼家族与清皇室的关系，也加强了正黄旗对皇室的向心力，并影响到镶黄旗。索额图对康熙十分忠诚，在清除鳌拜集团的过程中，成为康熙最得力的助手。

鳌拜集团的附庸众多，盘根错节，已经控制了中央机构的各个要害部门。为了最大限度地减少动荡和不必要的损失，孝庄帮助康熙制定了“擒贼先擒王”，迅速打击主要党羽，震慑其他成员，稳妥解决问题的基本策略。根据这个策略，康熙命索额图秘密地组织起一支善于搏击的少年卫队。康熙经常故意当着鳌拜的面，和少年卫队摔跤滚打。在鳌拜看来，康熙和这些少年只知道玩，因此便逐渐放松了警惕。

时机成熟，行动之前，又将鳌拜的部分党羽遣往外地，以分散鳌拜集团的力量。同时，康熙还采取了其他一些周密的部署。

康熙八年（1669）五月十六日，鳌拜奉诏进宫，当即就被少年卫队擒拿，其主要成员党羽先后被逮捕归案。考虑到鳌拜以往为清朝所做的贡献，康熙对他予以宽大处理，免死，没收家产，终身监禁；对鳌拜的众多追随者，也只处死最主要的一些人，其余一律宽免；就连遏必隆也被免罪，仅革去太师的官职，后又将公爵还给了遏必隆，恢复了对遏必隆的信任，从而团结了镶黄旗。

铲除鳌拜集团的政治较量，是康熙即位后，孝庄对他的一次关键性指导和帮助。当时，康熙年仅十六岁，还缺乏足够的智谋与经验。如果没有祖母的指教和授计，他很难在亲政第三年，就一举粉碎把持朝政多年、势力强大的鳌拜集团。

另一方面，在对鳌拜集团的斗争过程中，孝庄和康熙祖孙互相加深了了解，感情更为深厚。孝庄的言传身教，使康熙逐步具备了一代明君应有的宽阔心胸与气度。孝庄指导康熙宽大处理鳌拜集团，既是对当年两黄旗大臣同心合力，拥立幼主福临的回报，也是为清朝的长远统治着想。

清除鳌拜集团，排除了威胁皇权的潜在危险，扫除了清朝向前发展的绊脚石，康熙真正掌握了清朝大权。他在“首推满洲”的原则下，努力改善满汉关系，崇儒重道，发挥汉族官员的积极性，发展生产，恢复经济。在短短几年时间内，政局进一步稳定，得到汉族地主阶级更广泛的拥护，经济也开始有了起色。但是，此时天下的形势并不是一片大好。清朝虽然统一了中国的大部分地区，却仍然危机四伏。北有罗刹国（俄国）不断侵扰；西面有噶尔丹擅自称王；南面有“三藩”离心离德，东面还有台湾孤岛自居。

康熙亲政后，书写了一张“以三藩及河务、漕运为三大事”的条幅，悬挂在宫中的柱子上，时刻提醒自己。其中“三藩”是康熙面临的主要问题，也是治国安邦的头等大事。因为南方的“三藩”，拥兵自重，已经发展成危害国家统一的割据势力。其中，平西王吴三桂的兵力达到七万人。朝廷多次要求他裁军，吴三桂的军队却有增无减。朝廷每年要拨给“三藩”军饷两千多万，占了整个清政府财政收入的一半。“三藩”势力的发展，成为朝廷的心腹大患。

康熙知道，要统一政令，“三藩”是最大的障碍。这时候，正好平南王尚可喜年老，想回辽东老家，他上了一道奏折，要求让他的儿子尚之信继承王位，留在广东。康熙批准尚可喜告老还乡，但不让他儿子接替平南王爵位。这样一来，触动了吴三桂和靖南王耿精忠，他们想试探一下康熙的态度，假惺惺主动提出撤除藩王爵位，许多大臣认为，如果批准了他们的请求，吴三桂一定会造反。而康熙果断地下诏答复吴三桂和耿精忠，同意他们撤藩，诏令一下，吴三桂果然坐不住了。

康熙十二年（1673）底，以平西王吴三桂为首的“三藩”发生叛乱。首先，吴三桂在云南起兵，接着，冒充“朱三太子”的杨起隆在京举事；次年三月，靖南王耿精忠在福建造反。康熙十五年，尚之信在广东造反。与此同时，有些地方原已降清的明朝官员纷纷响应。叛军气势凶猛，很快控制了南方广大地区，并延伸至陕西、甘肃等地。孝庄和康熙都面临着严峻的考验。

此前，吴三桂等人的反叛之心已经露出了端倪，政治嗅觉敏锐的孝庄有所预感。康熙十一年（1672）十二月十六日，孝庄提醒康熙，在天下太平之际，应不忘武备，居安思危；随后，又通过其他措施，如令儒臣翻译儒家经典，赏赐诸臣等。孝庄帮助康熙加强统治，进一步搞好了君臣关系。因此，当“三藩之乱”突然发生，清朝统治面临巨大威胁的时刻，孝庄和康熙都变现得异常镇静。

康熙十三年（1674）元旦，吴三桂起兵反叛的消息传到京城。清廷仍然和以往一样，举行盛大的朝贺和筵宴，以此向臣民显示最高决策者无所畏惧的气概，以及与叛军决战决胜的信念，起到了安定朝野，鼓舞士气的作用。

吴三桂在云南起兵时，为了笼络民心，他脱下清朝的官服，换上明朝将军的盔甲，在明永历皇帝的墓前，痛哭了一番，说是要替明王朝报仇雪恨。但是，人们都记得很清楚，引领清兵入关的是吴三桂；杀死永历皇帝的，还是吴三桂。

吴三桂在西南一代的势力很大，所以战争开始时，叛军打得很顺利，一直打到湖南一带。此时，吴三桂派人跟广东的尚之信和福建的耿精忠联系，约他们一起叛变，这两个藩王同意出兵造反。历史上把这个事件称为“三藩之乱”。

“三藩之乱”的战火愈加蔓延。康熙十三年（1674）十二月，陕西提督王辅臣响应吴三桂起兵叛乱，并迅速占据汉中、兴安之地，阻绝川陕栈道。康熙任命都统、大学士图海为抚远大将军，急速赶赴陕西，总辖全省满汉大兵，以剿灭王辅臣。

图海收复平凉后，王辅臣投降，清朝西北战场出现转机。叛军大为震动。尚之信、耿精忠看到形势对吴三桂不利，便也投降了。吴三桂开始打了一些胜仗，可另外两个藩王背叛他，使他的力量渐渐削弱，处境十分孤立，战争进行了八年，吴三桂的形势没有好转。康熙十七年（1678）三月，七十四岁的吴三桂在湖南衡州（今湖南衡阳）称帝，国号大周。可是，就在这年秋天，吴三桂暴病身亡，他死后，清军对吴军进行猛烈地进攻。吴三桂的孙子吴世藩服毒自杀，吴军投降，自然，“三藩之乱”平定。